My research interests focus mainly on statistical inference for point processes, in particular Hawkes processes. I develop statistical methods motivated by applications in life science: ecology, neuroscience, genetics, microbiota... Recently, I have also been interested in inference for latent variable models.

• Tree-based variational inference for Poisson log-normal models , A. Chaussard, A. Bonnet, E. Gassiat, S. Le Corff, Submitted, 2024
• Spectral analysis for noisy Hawkes processes inference , A. Bonnet, F. Cheysson, M. Martinez Herrera, M. Sangnier, Submitted, 2024
• Inference of multivariate exponential Hawkes processes with inhibition and application to neuronal activity , A. Bonnet, M. Martinez Herrera, M. Sangnier, Statistics and Computing, 2023
• Uniform Deconvolution for Poisson Point Processes , A. Bonnet, C. Lacour, F. Picard, V. Rivoirard, Journal of Machine Learning Research, 2022. The code is available here .
• Neuronal Network Inference and Membrane Potential Model using Multivariate Hawkes Processes , A. Bonnet, C. Dion-Blanc, F. Gindraud, S. Lemler, Journal of Neuroscience methods, 2022
• Maximum Likelihood Estimation for Hawkes Processes with self-excitation or inhibition , A. Bonnet, M. Martinez Herrera, M. Sangnier, Statistics and Probability Letters, 2021
• Modeling genomic interactions with the Hawkes model , A. Bonnet, V. Rivoirard, F. Picard, 2018
• Heritability estimation in case-control studies , A. Bonnet, Electronic Journal of Statistics, 2018
• Improving heritability estimation by a variable selection approach in sparse high dimensional linear mixed models , A. Bonnet, C. Lévy-Leduc, E. Gassiat, R. Toro, T. Bourgeron, Journal of the Royal Statistical Society, Series C (Applied Statistics), 2018
• Heritability estimation in high dimensional sparse linear mixed models , A. Bonnet, E. Gassiat, C. Lévy-Leduc, Electronic Journal of Statistics, 2015

• PhD Students:
• 2024- : Sacha Quayle, co-advised with Maxime Sangnier
• 2024- : Maya Sadeler, co-advised with Charlotte Dion-Blanc and Adeline Samson
• 2023- : Alexandre Chaussard , co-advised with Sylvain Le Corff and Harry Sokol
• 2021-2024 : Miguel Martinez Herrera , co-advised with Maxime Sangnier
• Master Students:
• 2024: Sacha Quayle (M2), Maya Sadeler (M2)
• 2023: Alexandre Chaussard (M2)
• 2022: Noah Veytizouh-Bensoussan (L3)
• 2020: Emre Anakok (M1), Miguel Martinez Herrera (M2)
• 2019: Arnaud Trog (M1)

• Avec Félix Cheysson, Céline Duval et Marie Perrot-Dockès , on a monté un groupe de travail pour proposer et partager du matériel pédagogique qui utilise des bases de données en lien avec l'environnement ou le climat. Si le projet vous intéresse, n'hésitez pas à nous contacter ! Voici quelques jeux de données sur lesquels on a travaillé, ainsi que les supports que j'ai rédigés avec Marie Perrot-Dockès :
  • Jour du dépassement : TP en R sur la régression linéaire et l'ANOVA, illustré sur les données de Global Footprint Network, qui compare l'empreinte écologique des différents pays
  • Alimentation et environnement : TP de statistique descriptive en R et Python, illustrés sur les données Agribalyse de l'ADEME, qui étudie l'impact écologique de l'alimentation
• Depuis 2018, j'enseigne et je coordonne les enseignements de mathématiques dans le DU RESPE (Retour aux Etudes Supérieures pour les Personnes Exilées). L'objectif est de proposer une remise à niveau d'un an pour préparer la reprise d'études en France.
  • La page du cours de maths contient les différents supports (niveau lycée, adaptés à un public avec un niveau de français B1-B2), rédigés avec l'aide d'enseignants actuels ou anciens du DU RESPE : Nastassia Pouradier-Duteil, Adeline Fermanian, Miguel Martinez Herrera, Anne-Elisabeth Falq...
  • Le site web du DU , co-dirigé par Clémentine Vignal et Cécile Braunstein, contient toutes les informations sur la formation.
• Autres supports de cours :
  • Mise à niveau en R pour le M2 de Statistique de Sorbonne Université.
  • Slides d'un cours d'introduction à l'IA, donné dans le cadre d'une école d'été organisée par SCAI pour des lycéennes.

• Co-organizer of a scientific bootcamp with Sophie Donnet (INRAE), Marie-Pierre Etienne (AgroCampus Ouest), Juliette Legrand (Université Bretagne Ouest) : Les Mouettes Savantes
• Member of the association Jeunes Francophones et la Science